Hacia el año 1921, el amplio territorio misional debió dividirse, a fin de lograr una mayor y más coordinada labor pastoral. Así, se crearon dos zonas: por una parte, la zona de San Martín, y por otra, el Vicariato de Yurimaguas.

El 27 de febrero de 1921 fue nombrado Prefecto Apostólico de la Prefectura Apostólica de San Gabriel del Marañón, el P. Atanasio Jáuregui. El ya conocía la misión pues formaba parte del primer grupo de los doce llegados el año 1913. El 28 de diciembre de 1912, estando de camino para el Perú, había sido nombrado como Superior de la Misión.
Preconizado Obispo y Vicario Apostólico del Vicariato Apostólico de Yurimaguas, fue ordenado Obispo en la Catedral de Lima el 16 de agosto de 1936. Le esperaba un largo camino como Pastor del Vicariato. Mons. Atanasio murió en el mismo Yurimaguas el 30 de agosto de 1957.

Le sucedió en el cargo Mons. Elías Olazar Muruaga hasta 1976. A su muerte se hizo cargo del Vicariato Mons. Miguel Irizar Campos, quien, años más tarde fue nombrado Obispo del Callao (quien sigue pastoreando la Diócesis del callao). En su lugar está hasta ahora Mons. José Luis Astigarraga Lizarralde.

Mientras tanto, el 21 de enero de 1949 era declarado Administrador Apostólico de la Prelatura Nullius de Moyobamba, el R Martín Elorza Legaristi.
El 3 de octubre de 1953 era declarado Obispo Prelado, Fue ordenado Obispo de la Prelatura en la Iglesia de la Virgen del Pilar, de San Isidro-Lima, el 24 de febrero de 1954.
A su muerte, el 30 de diciembre de 1966, le sucedió Mons. Venancio Orbe Uriarte. Quien a la vez fue sucedido por el Mons. Santos lztueta (falleció el año 2007).